小小的名侦探江户川柯南，其实是被黑衣组织灌下毒药后变小的高中生侦探工藤新一。因为手机的邮件而被小兰怀疑身份的柯南在阿笠博士和灰原的帮助下再次让小兰解除了怀疑。某天，少年侦探团和高木警官在珠宝店里遇到了强盗，但是强盗居然在逃跑途中从高楼上跳下自杀了。可是，柯南判断这是安排得极为巧妙的杀人事件，并解开了这个大胆的犯罪手法。
因为一次莫名其妙的相识，柯南他们被邀请到传说中的魔术师Mr.正影家做客，结果有一位弟子被杀了，柯南和服部平次完美地解决了机关重重的魔术师公馆中的杀人事件。