雅各布最爱的爷爷离奇死去，留下只言片语怪异遗言。雅各布虽亲眼看见凶手逃离，但同行朋友却坚称什么都没有看到。没有谁相信雅各布所说，人人都以为他疯了。
为了找出真相，为了证明自己没有疯，为了解开爷爷遗言的谜团，雅各布远赴威尔士，只身穿过沼泽，进入“怪屋”，由此展开惊心动魄的时光穿越之旅并发现了一群天生异秉的孩子。
原来，雅各布和自己的爷爷都是异能人，他们可以看见并且杀死“影子杀手”，是异能人的保护者。当1940年9月3日时光圈被毁，孤儿院被炸，院长佩女士被俘，雅各布在纠结中离开父母，留在时光圈里，保护异能孩子。他们一起在起了风暴的大海上出逃，希望找到拯救佩女士的出路。岂止，他们千辛万苦抵达的所谓拯救之地是敌人早已布置好的陷阱。异能人遭到围捕绑架。
幸运逃脱的雅各布和自己心爱的女孩，以及一条异能狗，再次踏上孤独营救之路，冒死进入“恶魔领地”。那里是幽灵的老巢所在地，是最邪恶最丑陋之地。他们闯入幽灵城堡，虽救出了异能人伙伴，却也集体遭到幽灵挟持。唯一持有打开“灵魂博物馆”之门钥匙的雅各布与幽灵展开最后的博弈，生死之博弈。