雨夜搭车的神秘女孩韩敏，背包里似乎藏着不可告人的秘密。遭遇车祸失忆的她，发现自己无意识状态下总会发生异常事件，火锅店女店员和车站中年男子也因她离奇死亡，重重疑团扑面而来。
大学教授罗曼隐身小县城，只为接近背上长有奇异皮癣的男孩陈忡，并警告他将面临杀身之祸。陈忡在疑惑中如期完成“十天千万计划”，并从罗曼口中得知自己的惊天秘密。陈忡逐渐意识到，周遭的一切远没那么简单。
他们身上究竟隐藏着怎样的秘密，使其成为一项影响全世界的惊人计划的关键，并引来两个对立的神秘组织“联合会”和“集合会”对其围追拉拢？一切平和的表象即将被打破，一个源自上古的非常世界由此逐渐展现出来，阴谋与谜团相互交叠，而他们却浑然不知。
一切答案，尽在《第三类秘密》。