《水孩子(彩绘注音版)》的主人公汤姆是一个扫烟囱的孩子，他的师傅格林姆经常虐待他。一天，他和师傅去哈索沃庄园扫烟囱，路上遇见了一个仙女。仙女化装成穷苦人的模样，一路上暗暗保护着汤姆。然而，汤姆和师傅却全然不知。在哈索沃庄园打扫烟囱时，汤姆失足掉到庄园主的女儿艾莉的房间里。艾莉受到惊吓，尖叫起来。大家以为来了盗贼，于是一同追赶汤姆。在仙女的暗中保护下，汤姆逃进了森林，横越荒野，翻过峭壁，来到一位老太太的村舍里。
仁慈的老太太款待了汤姆，然后叫他去睡。但是汤姆并没有睡着。在仙女的引导下，他来到河边，洗脸时失足落水。他的师傅等人都以为他死了，其实他并没有死，而是脱去了身上的污垢，变成了水孩子。他开始独自在水中生活，同水中的各种动物打交道。在经历了很多奇遇后，有一天，他跟着鲑鱼群顺流而下，来到大海中的一座仙岛。
那是仙女和很多水孩子居住的地方。在这里，汤姆改掉了许多坏毛病。仙女派也成了水孩子的艾莉做他的老师，教他读书。在他变成一个好孩子之后，仙女对他说，如果他想变成一个真正的男子汉，就必须出去闯世界：要找到格林姆，把他改造成一个好人；他要去的地方比世界尽头更远，他必须到闪光墙那里，通过永不打开的白色大门。于是，汤姆出发了……