从1368年到1911年，近550年的明清时代，在这数百年里，佛教缓慢地发展着，虽在教派和义理上没有大的转折，但从帝王到民间的普及程度大大强化，这一时期儒、释、道三教合流渐成气候，世俗化特征明显，大量反映三教合一劝善之言的善书、宝卷广为流行。藏传佛教在明清时期有了很大发展。明朝对西藏达赖的册封体系已完成，清朝更以藏地活佛为国师，并根据藏、满、蒙几个民族相似的宗教文化，试图以喇嘛教来控制边疆关系。