《微生物学实验》第4版仍遵循第3版的编写指导思想和基本要求，但在编写内容和形式上有较大的变化。本版在内容上分成两大部分，即“基本实验技术”部分和“综合型、研究型实验”部分。第一部分包括：无菌概念和无菌操作，消毒灭菌，分离纯化，显微观察，涂片染色，培养基及微生物培养，生理生化反应，快速微量检测，基因突变，基因转移，基因文库构建，PCR技术及其在鉴定细菌中的应用，免疫学的基本技术等。第二部分包括：高产蛋白酶菌株的筛选及其基因的克隆和表达，杀虫微生物的分离，微生物产沼气，水和食品的微生物检测，酸乳和啤酒的制作，人体表面正常菌群的分离鉴定（用Biolog微生物自动鉴定分析仪）以及用互联网和计算机辅助基因分析鉴定古菌和细菌等。其内容涉及微生物在工业、农业、环境、食品以及医学等领域的应用。本版在编写形式上进一步突出了以学生为本的思想，在每一个实验中（除个别实验外)除让学生明确其目的、原理和基本操作外，还在相应位置以Box形式告知学生“本实验为什么用上述菌株”、“安全警示”、“获得本实验成功的关键”等，使学生能更主动、正确地完成实验。
全书后附有详细的附录和参考书目，供读者查阅和参考。《微生物学实验》适合理、工、农、林、医各类高等综合院校和师范院校生命科学方向本科生学习使用，也可供其他生物科技人员查阅参考。